《南京中医药大学学报》（双月刊）创刊于1959年创刊，是由南京中医药大学主办的全国有影响的综合性中医药学术刊物。

《南京中医药大学学报》设有学术探讨、临床研究、方药研究、针灸推拿、医史文献临床报道、经验交流等专栏。

《南京中医药大学学报》是国际标准连续出版物，被北大2008版核心期刊收录。